Comment calculer le score LOD?
Pour l'interprétation du score LOD, un score LOD supérieur à 3,0 est considéré comme une preuve de couplage.
Le score LOD, ou logarithme du score de cotes, est un test statistique utilisé dans l'analyse de liaison génétique. Le score LOD compare la probabilité d'obtenir les données de test si les deux loci sont liés à la probabilité d'obtenir les données de test si les deux loci ne sont pas liés.
- 1Il existe deux cas de calcul du score LOD. Le plus souvent, c'est lorsque vous avez un petit nombre de descendants. Dans ce cas, utilisez la méthode sous la rubrique "Lorsque la taille de la descendance est petite". Si la taille de votre descendance est petite et que vous estimez que le nombre de recombinants et de non-recombinants représente avec précision la distance génétique entre les deux gènes (ce qui est rare en génétique humaine), utilisez la méthode sous la rubrique «Quand la taille de la descendance est grande».
Méthode 1 sur 2: lorsque la taille de la descendance est petite
- 1Supposons une certaine distance génétique entre les deux gènes (entre 0 et 0 et 50 cm). Supposons que vous preniez la distance génétique (r) égale à 0,1.
- 2Supposons que vous ayez 13 individus dont 2 recombinants. La probabilité de non-recombinaison sera 1-r = 1-0,1 = 0,9
- 3Puisque vous voulez suivre chaque génotype, vous le divisez par 2: (1-r)/2=0,45. La probabilité de recombinants sera r/2 = 0,0,5 = 0,05
- La probabilité de Data si les deux gènes sont liés est ((r/2)^R)*(((1-r)/2)^NR) où R= # de recombinants et NR = # de non-recombinants. Donc la probabilité de Data si les deux gènes sont liés est ((0,05)^2)*((0,45)^11)
- La probabilité de Data si les deux gènes ne sont pas liés est (0,25)^(R+NR) = (0,25)^13
- Maintenant log of odds = (probabilité de Data si les deux gènes sont liés)/(probabilité de Data si les deux gènes ne sont pas liés). Donc, Log des cotes = (((0,05)^2)*((0,45)^11)) / ((0,25)^13) = 25,7
- Le score LOD sera log10 (25,7) = 1,41.
- 4Répétez ce processus pour r comme 0, 0,01, 0,03,0,05, 0,3 et 0,5.
- La valeur la plus élevée du score LOD que vous obtenez est votre réponse correcte. La distance génétique que vous avez supposée est probablement proche de la distance réelle entre les deux gènes d'intérêt.
Un plus grand nombre de points de données augmentera le score LOD s'il existe un lien pour l'analyse.
Méthode 2 sur 2: lorsque la taille de la descendance est grande
- 1Établir un pedigree pour deux loci d'intérêt. Plus vous collectez de données, mieux c'est.
- 2Déterminer le nombre de recombinants et le nombre de non-recombinants. Par exemple, supposons que les allèles A1 et B1 d'un locus 1 proviennent d'un parent et que A2 et B2 du locus 2 proviennent de l'autre. La descendance héritant de A1B1 ou A2B2 n'est pas recombinante, tandis que celles héritant de A1B2 ou A2B1 sont recombinantes.
- 3Calculez la probabilité d'obtenir les résultats en supposant que les deux loci sont liés. Ceci est donné par ((R/(R+NR))^R)*((1-(R/(R+NR)))^NR), où R = nombre de recombinants, NR = nombre de non-recombinants.
- Par exemple, dans le système de groupe sanguin MNS, M et S sont liés, et N et s sont liés. Supposons que sur 100 individus aléatoires, 25 ont un haplotype MS, 30 ont un haplotype Ms, 6 ont un haplotype NS et 39 ont un haplotype Ns. Puisque M et S sont liés, et que N et s sont liés, MS et Ns sont des non-recombinants, et Ms et NS sont des recombinants.
- Ainsi, le nombre de recombinants = R = 30+ 6 = 36, tandis que le nombre de non-recombinants = NR = 25 + 39 = 64. La fréquence de recombinaison est R/(R+NR) = 36/(36+64) = 0,36.
- La probabilité d'obtenir les résultats en supposant que les deux loci sont liés est donc ((0,36)^36)*((1-(0,36))^64) = 4,19187538*10^-29.
- 4Calculez la probabilité d'obtenir les résultats en supposant que les deux loci ne sont pas liés. Ceci est donné par 0,5^(NR+R). Dans l'exemple ci-dessus, c'est 0,5^(64+36) = 0,5^100 = 7,88860905×10^-31.
- 5Divisez la probabilité d'obtenir les résultats en supposant que les deux loci sont liés (à partir de l'étape 3 ci-dessus), par la probabilité d'obtenir les résultats en supposant que les deux loci ne sont pas liés (à partir de l'étape 4 ci-dessus). Pour notre exemple, cela équivaut à 4,19187538*10^-21,29,88860905×10^-31 = 53,14.
- 6Prenez le logarithme en base 10 du rapport obtenu ci-dessus (étape 5). Pour l'exemple, cela équivaut à log 53,14 = 1,73.
Le score LOD, ou logarithme du score de cotes, est un test statistique utilisé dans l'analyse de liaison génétique.
- Pour l'interprétation du score LOD, un score LOD supérieur à 3,0 est considéré comme une preuve de couplage. Un score LOD de +3 indique une probabilité de 1000 à 1 que le lien observé ne s'est pas produit par hasard. D'un autre côté, un score LOD inférieur à -2,0 est considéré comme une preuve pour exclure le couplage. Dans l'exemple ci-dessus avec un score LOD +1,73, le lien est suggéré mais non confirmé. Un plus grand nombre de points de données augmentera le score LOD s'il existe un lien pour l'analyse.
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