Comment trouver le complément inverse d'une séquence d'ADN?
Le complément inverse d'une séquence d'ADN signifie le contenu du brin opposé dans une molécule d'ADN.
Le complément inverse d'une séquence d'ADN signifie le contenu du brin opposé dans une molécule d'ADN. Les molécules d'ADN sont construites en tant que telles parce que chaque nucléotide a un nucléotide complémentaire sur l'autre brin avec lequel existe une liaison non covalente.
Méthode 1 sur 2: à la main
- 1Retracez la séquence à l'envers, en commençant par le dernier nucléotide de la séquence.
- 2Au fur et à mesure que vous passez sur chaque nucléotide, ajoutez son nucléotide complémentaire à la ligne suivante, en commençant la chaîne complétée du côté gauche de la page. N'oubliez pas que la guanine (G) se lie à la cytosine (C) et l'adénine (A) se lie à la thymine (T).
Parcourez la séquence et utilisez une recherche de table de hachage pour construire la séquence complémentaire.
Méthode 2 sur 2: par programmation (python 2)
- 1Créez ou acceptez un fichier d'entrée. Cet article suppose que l'entrée est au format FASTA, avec une seule séquence par fichier. Les étapes suivantes supposent également que tous les nucléotides sont des bases ATGC.
- 2Lire dans le fichier. Pour le format FASTA:
- Supprimez la première ligne du fichier.
- Supprimez tous les sauts de ligne et autres espaces de fin restants.
def init(sequence): avec open(argv[1]) en entrée: sequence = "".join([line.strip() pour la ligne dans input.readlines()[1:]]) return sequence
- 3Créez une table de hachage qui mappe chaque nucléotide à son complément.
complément = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'} - 4Parcourez la séquence et utilisez une recherche de table de hachage pour construire la séquence complémentaire. Inversez le vecteur résultant.
def reverse_complement(seq): bases = [complément[base] pour base dans seq] bases = reversed(bases) renvoie les bases
- 5Imprimer le contenu du vecteur. =
result = reverse_complement(seq) print ''.join(result)
- Si vous calculez le complément inverse à la main, assurez-vous de vérifier! Il peut être facile de manquer une paire de bases ou d'utiliser le mauvais complément, surtout si vous lisez une longue séquence sur papier.
Lisez aussi: Comment envoyer votre score IELTS à une université?
En parallèle
